|
|
Pozitivní a negativní selekce mitochondriálního genomu
Svoboda, Matěj ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá detekcí pozitivní a negativní selekce v mitochondriálním genomu bezobratlých a obratlovců. Součástí práce je zpracovaná teorie evoluce a evolučních modelů. Hlavním bodem práce je vytvoření souboru algoritmů pro detekci pozitivní a negativní selekce v programovém prostředí RStudio. Následně jsou výsledky porovnány s hodnotami získanými nástrojem PAML.
|
|
|
Detekce pozitivní selekce na molekulární úrovni
Cakl, Lukáš ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent)
Nárůst výpočetního výkonu a množství dostupných genomických dat nám v dnešní době umožňuje zkoumat stopy selekce na sekvencích nukleových kyselin. Abychom získali co nejrelevantnější výsledky, je třeba se zamyslet nad tím, jak tyto stopy vznikají, jaké vlastností mají, jak je detekovat a ve kterých případech používat které metody. V této bakalářské práci se budeme věnovat nejen samotným metodám detekce selekce a jejich principům, ale i teoretickým modelům umožňujícím jejich vznik, neutrálním teoriím, vůči kterým můžeme stopy selekce srovnávat, ale také oněm stopám samotným. Vzhledem k dynamice genomu jsou totiž pro volbu metody, krom dostupných dat, rozhodující právě vlastnosti těchto stop. Zejména, když vezmeme v potaz, že některé stopy vznikají v evolučním měřítku za poměrně krátkou dobu a brzy po selekci opět mizí, zatímco vznik jiných trvá velmi dlouhou dobu. Klíčová slova: darwinovská selekce, pozitivní selekce, statistické metody, detekce selekce, dna, molekulární data
|
|
|
Pozitivní a negativní selekce mitochondriálního genomu
Svoboda, Matěj ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá detekcí pozitivní a negativní selekce v mitochondriálním genomu bezobratlých a obratlovců. Součástí práce je zpracovaná teorie evoluce a evolučních modelů. Hlavním bodem práce je vytvoření souboru algoritmů pro detekci pozitivní a negativní selekce v programovém prostředí RStudio. Následně jsou výsledky porovnány s hodnotami získanými nástrojem PAML.
|
|
|
Consequences of an infectious disease on genetic information in DNA sequences in bats
Nováková, Markéta ; Martínková, Natália (vedoucí práce) ; Lučan, Radek (oponent)
Syndrom bílého nosu je plísňové onemocnění netopýrů způsobující masivní úhyny v severoamerických populacích. Infekční plíseň způsobuje léze na kůži netopýrů, převážně na čenichu, uších a létacích blánách. Infekce plísní je doprovázena vážným narušením metabolismu netopýrů a hibernační fyziologie, které jsou smrtelné pro netopýry v Severní Americe. Evropští netopýři nemoc přežívají ve větším počtu. Protože je plíseň pravděpodobně evropského původu, tato studie předpokládá, že u evropských netopýrů se vyvinuly dědičné obranné mechanismy proti syndromu bílého nosu. Infekce plísní způsobující onemocnění představuje silný selekční tlak, v praktické části jsem proto u 7 genů hledala známky pozitivní selekce pomocí metody maximální věrohodnosti. Zjistila jsem vliv pozitivní selekce u genu pro transglutaminázu 1.
|
host ::
RSS.